Между Первой и Второй мировыми войнами в Гданьске было несколько баптистских церквей. В результате военных действий и по причине выселения людей, которое инициировали немецкие власти, после войны не осталось ни одного члена немецких церквей. Война не пощадила также и домов молитвы. В Гданьске не сохранилось ни одно из существовавших тогда церковных зданий.
Первые приехавшие после войны в Гданьск миссионеры были вынуждены начинать с начала. В конце 1945 года группа людей стала собираться в частично уцелевшем доме молитвы церкви другого евангельского союза при улице Dąbrowskiego 11, (где церковь проводит богослужения и по сей день).
Первая встреча по основанию церкви произошла 3 февраля 1946 г. В этом собрании приняло участие 31 человек. Первым служителем церкви был выбран брат Павел Баенский. Жизнь церкви развивалась активно, так что уже в июне того года церковь организовала первый послевоенный съезд баптистской молодежи.
Несмотря на многие трудности и препятствия, Божий труд совершался далее. По причине возраста и технического состояния используемого здания в 1980 было принято решение о сносе старого и постройке на его месте нового дома молитвы. В начале октября 1991 года было проведено официальное открытие нового церковного здания.
Гданьская церковь активно действовала не только в своем городе, но и в регионе. Силами этой церкви были организованы церкви в Гдыне, Торуне, Сопоте и других городах. Около 20 лет назад группой молодых братьев была организована Вторая баптистская церковь Гданьска, которая в данный момент строит свой молитвенный дом. В 2019 году по инициативе пастора Роберта Миксы была организована Третья баптистская церковь Гданьска «EXE». В 2022 году была зарегистрирована Четвертая баптистская церковь.
На данный момент в четырех церквях Гданьска насчитывается около 400 постоянных членов церкви, а также ведется миссионерское, душепопечительское, благотворительное, общественное и культурное служение.